编者按：碳青霉烯类耐药肠杆菌（CRE）已成为全球公共卫生的重大威胁，尤其在重症监护室（ICU）等高危环境中。本文基于Journal of Infection的一项中国多中心前瞻性队列研究，从表型耐药性、基因组特征、克隆传播及毒力因子等角度，系统分析了CRE的定植与感染动态。研究覆盖安徽省8个城市10个ICU的418株CRE菌株，通过全基因组测序（WGS）揭示了ST15-KL19为优势克隆，ST48-KL62与感染风险显著相关，且毒力基因（如iucABCD、rmpA2）在感染株中富集。研究为CRE的精准防控提供了分子标志物和区域化策略依据。

CRE的流行现状与ICU防控挑战

肠杆菌科细菌是社区和医疗环境中常见的病原体，而碳青霉烯类作为治疗多重耐药肠杆菌的最后防线，其耐药性问题日益严峻。世界卫生组织（WHO）预测，若耐药趋势持续，耐药菌感染导致的死亡将超过癌症。中国细菌耐药监测网数据显示，肺炎克雷伯菌对碳青霉烯类的耐药率从2014年的6.4%升至2023年的10.8%。ICU患者因免疫抑制、侵入性操作和抗生素暴露频繁，成为CRE感染的高危人群。然而，现行临床检测主要针对有症状感染者，忽视了无症状定植者作为传染源的作用。此前美国研究显示，57%的CRE案例为无症状定植，凸显了主动监测的必要性。 全基因组测序（WGS）技术的进步为CRE的传播动力学和进化分析提供了突破性工具。本研究通过前瞻性设计（2023年7月至2024年6月），整合主动筛查与感染监测，旨在揭示CRE在ICU中的基因组流行病学特征。

研究方法

本研究纳入安徽省8个城市9家医院的10个ICU，共401例患者（294例定植、107例感染）。纳入标准为成年ICU新入院患者，排除ICU停留＜48小时或数据不完整者。通过直肠拭子主动筛查定植菌，临床标本检测感染菌，均经微生物学确认。药敏试验采用CLSI和EUCAST标准，全基因组测序用于分析序列型（ST）、荚膜血清型（K-Locus）、耐药基因和毒力基因。核心基因组单核苷酸多态性（SNP）用于构建系统发育树，揭示菌株传播路径。 统计方法采用卡方检验或Fisher精确检验比较组间差异，P＜0.05视为显著。

主要发现

在310株定植菌株和108株感染菌株中，肺炎克雷伯菌占主导地位（74.4%），其次为大肠杆菌（18.4%）。菌株对替加环素（2.6%）和粘菌素（4.2%）的耐药率较低，而对碳青霉烯类、头孢菌素类及β-内酰胺/β-内酰胺酶抑制剂组合的耐药率极高（＞97.9%）。

序列型（STs）和荚膜血清型均呈现显著的地理多样性，ST11为主要序列型，ST15-KL19（34.4%）是定植与感染菌株中最常见的ST-荚膜血清型组合。值得注意的是，ST48-KL62克隆在感染菌株中的检出率显著高于定植菌株。此外，86.6%的菌株产碳青霉烯酶，其中以blaKPC-2为主（64.4%），1.9%的菌株同时产KPC型和MBL型酶。

研究还鉴定出携带blaNDM-5的高风险大肠杆菌ST167菌株。所有耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌（CRKp）均携带铁载体生物合成基因（如fepABCDG、iutA、iroEN）；iucABCD、irp1/2、ybtAEPQSTUX及fyuA等毒力因子在CRKp感染菌株中显著更普遍，但ST15-KL19菌株缺乏经典高毒力因子（如iucABCD、rmpA、rmpA2）。医院内部及医院间均发现高度同源的菌株，提示CRE存在区域扩散和院内传播现象。

小结

本研究不仅明确了CRE独特的区域分布和基因组分布特征，还将特定克隆及毒力决定因子与感染风险相关联，为识别高危携带者提供了分子标志物，同时为靶向治疗及防控措施的制定提供了科学依据。

▌参考文献：

Lyu YY, Zhang YS, Tai JH, et al. Phenotypic and genotypic characterization of colonization and infection with carbapenem-resistant Enterobacteriaceae: A prospective cohort study in China. J Infect. Published online December 15, 2025. doi:10.1016/j.jinf.2025.106666

来源：《感染医线》

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